Estudos recentes indicam que a composição do microbioma intestinal pode ser modulada por fatores como dieta, temperatura e salinidade, e que algumas espécies de bactérias podem atuar como biomarcadores de salde intestinal em peixes. A presença de bactérias do ácido láctico (BAL), por exemplo, está associada a proteção contra infecções e ao fortalecimento da barreira intestinal. Contudo, mudanças ambientais e dietéticas podem afetar negativamente esse microbioma, favorecendo a proliferação de bactérias patogénicas como as do género Vibrio. 
Como a modulação do microbioma intestinal pode ser utilizada como uma estratégia para melhorar a saúde de peixes em sistemas de aquicultura intensiva?