Foi criado em 27 de novembro de 1995, por meio da Lei Estadual nº 12.797, o município de Águas Lindas de Goiás se desvinculou do Parque da Barragem.

Quando ainda integrava o território do município de Santo Antônio do Descoberto, Águas Lindas de Goiás era conhecida como Parque da Barragem.

O município de Águas Lindas de Goiás conquistou sua emancipação por meio de uma votação unânime entre os membros da Câmara Municipal de Santo Antônio do Descoberto. 

A divisão entre Águas Lindas de Goiás e Santo Antônio do Descoberto foi promovida por Odalino Garcia Melo, que também se tornou o primeiro prefeito do novo município.