A limpeza remove sujidades e reduz parte dos microrganismos presentes nas superfícies, enquanto a desinfecção emprega método físico ou químico para destruir microrganismos patogênicos, sem implicar necessariamente a eliminação de todas as formas microbianas. 

A aplicação de desinfetante diretamente sobre uma superfície com matéria orgânica visível dispensa a limpeza prévia, pois o agente químico conserva integralmente sua eficácia mesmo na presença de sujidade.