A implantação de Sistemas de Gestão Integrados é realizada por muitas empresas que visam obter diversas vantagens competitivas através destas ferramentas. No entanto, nem sempre estão de acordo com os objetivos e benefícios buscados pela organização, além de apresentar algumas desvantagens. Constitui-se em uma desvantagem dos Sistemas de Gestão Integrados: