As universidades possuem autonomia exclusivamente didático-científica, estando subordinadas administrativamente aos órgãos centrais dos sistemas de ensino para todas as decisões institucionais.

As universidades gozam de autonomia didático-científica, administrativa e de gestão financeira e patrimonial, devendo estruturar suas atividades com base na integração entre ensino, pesquisa e extensão. 

 A autonomia universitária consiste na liberdade irrestrita das instituições para atuar independentemente das normas gerais do sistema educacional e das diretrizes estabelecidas pelo Estado.

 A autonomia universitária limita-se à organização curricular e à produção científica, não abrangendo aspectos administrativos ou financeiros da gestão institucional. 

O princípio que orienta a organização universitária estabelece a separação funcional entre ensino, pesquisa e extensão, de modo a garantir especialização institucional em cada área.