A administração dos Institutos Federais terá como órgãos superiores o Colégio de Dirigentes, o Conselho Superior e o Conselho Fiscal.

As presidências do Colégio de Dirigentes e do Conselho Superior serão exercidas pelo Reitor e vice-reitor do Instituto Federal, respectivamente.

Os Institutos Federais terão como órgão executivo a reitoria, composta por 1 (um) Reitor e 5 (cinco) Pró-Reitores.

Poderão ser nomeados Pró-Reitores os servidores ocupantes de cargo efetivo da Carreira docente, desde que possuam o mínimo de 2 (dois) anos de efetivo exercício em instituição federal de educação profissional e tecnológica.

Poderão candidatar-se ao cargo de Reitor os docentes pertencentes ao Quadro de Pessoal Ativo Permanente de qualquer dos campi que integram o Instituto Federal, desde que, necessariamente, possuam o título de doutor.