O uso de equipamentos de proteção individual (EPI), como luvas, máscara e óculos, é facultativo para o ACE, já que sua principal função é de caráter educativo e não envolve riscos ocupacionais diretos. 

A vacinação contra tétano, hepatite B e febre amarela faz parte das medidas de proteção do ACE, devendo ser garantida pelo gestor, visto que esses profissionais estão expostos a riscos biológicos durante o trabalho.

O ACE deve priorizar sempre a inspeção em locais de difícil acesso, mesmo que isso implique risco de queda, pois a vigilância territorial exige que nenhum espaço fique sem vistoria.

Medidas de proteção à saúde do ACE restringem-se à capacitação teórica sobre agravos endêmicos, não sendo responsabilidade do gestor fornecer equipamentos, imunizações ou acompanhamento de saúde ocupacional.