Durante o processo de tratamento na lagoa facultativa, diversas bactérias se desenvolvem para transformar a poluição orgânica em metano, onde ocorrem a liquefação e formação de ácidos através das bactérias acidogênicas; e a formação de metano através das bactérias metanogênicas

O tratamento nas lagoas de maturação é responsável, principalmente pela remoção de bactérias, coliformes, vírus e ovos de helmintos

Há três diferentes zonas características das lagoas anaeróbias: zona anaeróbia; zona aeróbia e zona facultativa

Os aeradores superficiais, utilizados nas lagoas aeradas, são responsáveis pela mistura entre os microrganismos (DBO) e os sólidos em suspensão (biomassa), o que diminui a concentração de bactérias no meio liquido