a tentativa do governo de impor o Ensino Religioso confessional católico nas escolas públicas, o que gerou grande revolta das primeiras igrejas protestantes instaladas no Brasil 

a resistência de bispos à interferência do Estado em assuntos internos da Igreja Católica, especialmente quanto à maçonaria

o envolvimento do clero em movimentos republicanos e abolicionistas

o surgimento de novas ordens religiosas contrárias ao poder episcopal