O IEB/USP foi criado em 1962 pelo historiador Sérgio Buarque de Holanda. 

As primeiras coleções do IEB/USP foram as de Mário de Andrade e de Alberto Lamego.

A coleção “As Brasilianas” de Yan de Almeida Prado é composta por obras originais do período colonial e Brasil independente. 

Intelectuais e pensadores fundamentais para o estudo da sociedade brasileira tiveram seus acervos incorporados pelo IEB, como Caio Prado Jr., Fernando de Azevedo, Pierre Monbeig e Milton Santos. 

Acervos dos escritores Guimarães Rosa e Graciliano Ramos fazem parte do IEB/USP, além de artistas como Anita Malfatti, Alex Flemming, Bernardino Ficarelli e Camargo Guarnieri.