Um indicador de qualidade para avaliação do sequenciamento de nova geração (NGS) é cobertura. Ela engloba duas variáveis: a profundidade e a amplitude, que são conceituadas como, respectivamente: 

Relacione as estratégias de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com suas características. 

Coluna I

1. genoma inteiro (WGS = whole genome sequencing)
2. direcionado (painel gênico)
3. Transcriptomas
4. Seq 16Sr- Metagenomica
5. Epigenética (Whole-genome bisulfite sequencing - WGBS)
6. Exoma (WES = whole exome sequencing)


Coluna II

( ) analisa os exons de todo o genoma.
( ) analisa modificações no genoma, que não de sequência de DNA, como por exemplo regiões de metilação.
( ) analisa RNAs ribossomais (rRNAs) para caracterizar quantitativamente o microbioma.
( ) identifica o conjunto completo de transcritos (RNAs, miRNAs e outros RNAs não codificantes).
( ) método abrangente e rápido, mas que necessita de muito espaço de armazenamento de dados
( ) avalia um subconjunto de genes ou regiões do genoma, permitindo analisar as áreas de interesse, reduzindo tempo de análise e custos

A sequência correta, de cima para baixo, é: 

A análise secundária dos dados de NGS incluem:

A análise NGS terciária envolve anotação e interpretação de variantes. Esta análise geralmente envolve anotação funcional de variantes encontradas (por exemplo, interpretação de SNP, INDEL e CNV) para determinar suas funções biológicas e patológicas. São ferramentas comuns para esta análise:

A análise de dados de NGS de RNA (Transcriptoma) pode ser mais desafiadora, dadas as complexidades do splicing alternativo e a faixa dinâmica da expressão gênica. As ferramentas comumente utilizadas são:

Quando se depara com uma variante não descrita na literatura, podem-se realizar análises para prever um possível comportamento dessa variante. Seriam análises: