Usualmente, resultados de GWAS são reportados na forma de gráficos do tipo Manhattan (vide abaixo). O valor estatístico do eixo Y, comumente utilizado para evidenciar associações interessantes, compreende:

Em estudos de associação genômica ampla (GWAS), é importante identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) associados a fenótipos patológicos ou traços biológicos. PLINK é uma ferramenta de referência para o processamento e análise de dados de genética neste contexto. Dentro do pipeline do PLINK, uma etapa é o procedimento de controle de qualidade, que visa a remoção de SNPs que não atende a determinados parâmetros bioestatísticos. As alternativas abaixo são critérios ou medidas para filtragem de qualidade de SNP em análise GWAS, EXCETO: