O arquivo permanente é constituído por prontuários sem valor administrativo, histórico ou científico, destinados posteriormente à eliminação. 

Os prontuários de pacientes que receberam alta permanecem obrigatoriamente no arquivo corrente pelo prazo mínimo de 10 anos, após o último registro. 

Os prontuários de pacientes em acompanhamento ambulatorial ativo devem ser transferidos para o arquivo intermediário após o encerramento de cada atendimento. 

 O Serviço de Arquivo Médico e Estatística (SAME), no âmbito da gestão documental da instituição, atua na organização, guarda, conservação e disponibilização dos prontuários para acesso autorizado, observando os critérios institucionais e legais aplicáveis.