Dentre as diferentes estratégias disponíveis para análise proteômica, uma das mais utilizadas tem sido a técnica de MALDI-TOF. Obseve as afirmativas realizadas com relação a esta tecnologia e assinale a alternativa incorreta.

Nos experimentos de análise proteômica, comumente são utilizados, sequencialmente, uma fonte de ionização de peptídeos seguida de um analisador de massa. Assinale a alternativa que apresenta exemplos dos dois tipos de aparelhos.

Após a descoberta de um novo tipo de bactéria, isolada em amostras de solo da região amazônica, um grupo de pesquisa iniciou dois projetos multidisciplinares estruturados em rede. No primeiro dos projetos, foi realizado o sequenciamento completo e a anotação do genoma desta nova bactéria. No segundo projeto, foi realizada a análise proteômica da mesma bactéria. Após a finalização dos projetos, os resultados obtidos foram comparados. Com relação a esta comparação, assinale a alternativa correta.

A abordagem proteômica tem possibilitado a caracterização de grandes quantidades de proteínas que estão presentes em condições fisiológicas definidas. Dentre as diferentes estratégias experimentais utilizadas, a proteômica de organelas foi uma das primeiras abordagens que disponibilizaram importantes conjuntos de dados, criando a expectativa de que o conjunto completo de proteínas que compõe as diferentes organelas de uma célula eucarionte pudesse ser caracterizado. Entretanto, análises realizadas com proteomas de cloroplastos e mitocôndrias têm demonstrado que, apesar dos grandes avanços alcançados, ainda não é possível a identificação de todas as proteínas que compõem estas organelas. Sobre tais iniciativas, analise as afirmativas a seguir.

I. A análise do proteoma de uma organela é limitada em função da perda de proteínas durante o processo de preparação das amostras.

II. O alto grau de conservação entre proteínas presentes em cloroplastos e mitocôndrias, assim como sua conservação com proteínas presentes em outros compartimentos celulares, dificulta a identificação das mesmas nos proteomas organelares.

III. Proteínas de membrana estão sempre representadas em baixa proporção, o que limita a identificação destas na abordagem proteômica.

IV. Proteínas destas organelas sofrem proteólise durante seu processo de importação para as organelas, o que limita sua identificação final.

Assinale: 

Sobre resolução espectrométrica dos aparelhos de determinação de massas, analise as afirmativas a seguir.

I. A largura do pico detectado (avaliada na sua base), dividida pela massa do pico, define a resolução espectrométrica de um aparelho de determinação de massa.

II. A introdução do sistema Orbitrap aumentou bastante a resolução espectrométrica em relação aos sistemas IonTraps simples, anteriormente utilizados.

III. Quanto maior a resolução espectrométrica, maior a chance de mais de um peptídeo serem agrupados em um mesmo pico.

IV. Uma alta resolução espectrométrica é uma pré-condição para a identificação e quantificação acurada dos peptídeos.

Assinale: 

Com o objetivo de avaliar o conjunto completo de proteínas presentes nos cloroplastos de uma célula vegetal, um laboratório de biologia molecular contratou os serviços de um laboratório especializado em análise proteômica quantitativa. Durante as negociações para a realização do projeto, foram apresentadas algumas estratégias alternativas de abordagem experimental.

I. Análise proteômica global de cloroplastos isolados a partir de gradientes de densidade.

II. Análise do proteoma da membrana externa cloroplastidial, utilizando frações de membrana externa isolada a partir de extratos purificados obtidos de cloroplastos purificados em gradiente de densidade.

III. Análise proteômica da fração solúvel de cloroplastos isolados em gradiente de densidade.

IV. Análise do proteoma da membrana interna cloroplastidial, utilizando frações de membrana externa isolada a partir de extratos purificados obtidos de cloroplastos purificados em gradiente de densidade.

V. Análise do proteoma da membrana tilacóide, utilizando frações de membrana tilacóide isolada a partir de extratos purificados obtidos de cloroplastos purificados em gradiente de densidade.

Tendo em vista o custo das análises e o tempo necessário para sua realização, o laboratório só poderia realizar duas destas estratégias. Visando obter a maior quantidade de dados relacionados à composição dos cloroplastos desta espécie, assinale a alternativa que melhor descreve as abordagens que deveriam ser realizadas prioritariamente.

Assinale:

Analise as afirmativas abaixo com relação aos diferentes tipo de analisadores de massa.

I. Em um equipamento Q-TOF, um filtro de massa quádruplo está acoplado a uma analisador de tempo de vôo que diferencia as moléculas presentes em função do tempo de sua chegada ao detector.

II. Após a ionização por eletrospray, a relação massa/carga das moléculas é determinada por meio de sua trajetória em um campo elétrico estático ou dinâmico.

III. No sistema IonTrap, os íons são capturados em um campo onde eles podem ser acumulados e manipulados em análises subsequentes.

IV. No sistema Orbitrap, os íons circulam ao redor de um eletrodo central com formato fusiforme. A frequência de oscilações dos íons nesta trajetória é proporcional à raiz quadrada da razão m/z.

Assinale: 

Analise as afirmativas abaixo.

I. Na ionização por eletrospray, os peptídeos a serem analisados são dissolvidos em um líquido que passa por uma agulha, a um alto potencial elétrico. A voltagem aplicada dispersa o líquido em pequenas gotículas, altamente carregadas, que evaporam e transferem as moléculas para o vácuo de um espectrômetro de massas.

II. O aparelho Ion Trap-Orbitrap é um espectrômetro de massa híbrido, que combina um Ion Trap linear com um analisador Orbitrap. O Orbitrap é um tipo de analisador de massa de Ion Trap que utiliza transformada de Fourier, no qual os íons oscilam ao longo e ao redor de um cilindro central.

III. A dissociação induzida por colisão (CID) consiste na fragmentação de íons peptídicos pela energia adquirida durante a colisão com um gás quimicamente reativo.

IV. A marcação isotópica estável por aminoácidos em culturas de células (SILAC) é um dos tipos de marcação metabólica utilizada na proteômica quantitativa. Comumente, formas dos aminoácidos lisina e arginina, marcados com ³³P e ³⁵S, são incorporados em uma cultura celular ou em organismo através da marcação metabólica. Na análise por espectrometria de massa, os aminoácidos marcados com esses isótopos pesados são distinguíveis dos seus correlatos não marcados por uma mudança de massa característica.

Assinale: 

Diferentes métodos de detecção de proteínas vem sendo desenvolvidos e adaptados visando o aprimoramento, a modernização e a simplificação do processo de detecção de proteínas. No desenvolvimento e na adaptação de um novo método para análise proteômica, assinale a alternativa incorreta é incorreto afirmar que são características desejáveis: