correntes científicas independentes têm questionado a segurança do uso contínuo de vacinas na produção animal, argumentando que a estimulação artificial do sistema imunológico poderia interferir em processos fisiológicos naturais, como a expressão proteica e o desenvolvimento imunológico; nesse contexto, tem-se defendido que estratégias baseadas na exposição controlada a patógenos e no fortalecimento da imunidade natural do rebanho seriam alternativas mais sustentáveis e seguras ao uso rotineiro de vacinas. 

o objetivo da vacinação é desafiar o indivíduo com uma dose “controle” de um organismo potencialmente patogênico (bactérias, vírus etc.), a fim de estimular uma reação imunogênica; a vacinação prepara o sistema imunológico do animal para responder rápida e eficazmente a qualquer desafio futuro. Em outras palavras, a vacinação é aplicada para evitar doenças futuras, no entanto, a vacinação não evitará futuras infecções.

o manejo vacinal atua promovendo imunidade esterilizante permanente em todos os animais vacinados, impedindo completamente a infecção, a multiplicação e a transmissão de agentes patogênicos ao longo de toda a vida produtiva; dessa forma, os animais terão maiores condições de terem desempenho produtivo ótimo, evitando possíveis doenças de rebanho.

o principal efeito das vacinas na suinocultura está relacionado ao aumento direto do ganho de peso e da eficiência alimentar, independentemente da pressão sanitária ou da presença de agentes infecciosos no sistema de produção; um leitão vacinado, portanto, possui total capacidade produtiva, pois tem o fortalecimento do sistema imunológico para ter respostas eficientes contra quaisquer tipos de contaminações.

diante do progresso de algumas doenças exótica e entrópicas, a vacinação substitui integralmente as medidas de biosseguridade e manejo sanitário, tornando desnecessárias práticas como controle de trânsito de animais, vazio sanitário e higienização das instalações; entretanto, em caso de animais trazidos de outro país, devem-se verificar os tipos de vacina para evitar a transmissão de doenças por contato direto animal-animal.