O POP3 bloqueia o acesso de mais de um dispositivo à mesma conta de e-mail, enquanto o IMAP permite apenas um dispositivo conectado por vez. 

O IMAP e o POP3 guardam todas as mensagens na nuvem indefinidamente, sem baixar nada para o dispositivo local.

O IMAP baixa todas as mensagens para o dispositivo local e depois as remove do servidor, enquanto o POP3 mantém as mensagens no servidor, permitindo acesso de múltiplos aparelhos.

O IMAP permite sincronização de e-mails entre diversos dispositivos deixando as mensagens no servidor, enquanto o POP3 baixa as mensagens para o dispositivo local e, normalmente, as remove do servidor após o download. 

O IMAP é utilizado apenas para envio de e-mails, enquanto o POP3 serve para o recebimento e o envio simultâneos.