As doenças autoimunes podem surgir quando substâncias normais do organismo sofrem alterações provocadas por fatores externos, como vírus ou radiação, fazendo com que pareçam estranhas ao sistema imunológico. 

A presença de autoanticorpos no sangue é suficiente, por si só, para confirmar que a pessoa possui uma doença autoimune ativa. 

A semelhança entre antígenos de microrganismos e antígenos presentes em tecidos humanos pode levar o sistema imunológico a atacar estruturas próprias do corpo. 

Células B e células T podem apresentar mau funcionamento e gerar respostas imunológicas anormais capazes de causar inflamação e dano tecidual.