O cocar representa a nação de índios ianomâmis que habitavam a região.

A jangada representa a zona do litoral.

A carnaúba, abundante no Município, e até pouco tempo considerada a maior fonte econômica local, representa a Zona do Sertão.

A data representa o período da criação do município.

A faixa contém o atual topônimo do Município.

Lei Municipal Nº 146, de 15 de julho de 1995, criou a Bandeira do Município de São Gonçalo do Amarante.

letra do Hino de São Gonçalo do Amarante é de autoria do Professor José Humberto Gomes de Oliveira.

cores presentes na Bandeira são: azul, verde, amarelo e branco, representando respectivamente: o céu, o mar, a lua e as nuvens.

estrelas presentes na bandeira representam os municípios limítrofes de São Gonçalo.

melodia do Hino de São Gonçalo é de autoria de Francisco José Inácio.