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A visão modular habitualmente empregada em R pode também ser utilizada de forma alternativa ou até complementar por meio da ferramenta Snakemake. 

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Um conjunto de ferramentas baseadas na linguagem de análise e visualização de dados R estabelece padrões de representação de dados biológicos e possuem um ciclo de atualização bastante acelerado. 

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A bioinformática aplicada como ferramenta computacional à biologia integrativa de sistemas possibilita a criação de modelagens, porém simulações direcionadas por essa ferramenta são problemáticas, dado que o tratamento de dados na metodologia R segue padrões já existentes.