Questões de Concurso Público INCA 2010 para Tecnologista Júnior – Bioinformática
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A bioinformática pode ser definida como uma área multidisciplinar que envolve principalmente a Biologia, a Ciência da Computação, a Matemática e a Estatística.
A biologia computacional é um campo de pesquisa muito próximo ao da bioinformática
Enquanto a biologia computacional geralmente trata de ferramentas para organização e recuperação de informações biológicas, a bioinformática geralmente está relacionada ao desenvolvimento de algoritmos
Dayhoff, Waterman e Altschul são pesquisadores de relevante importância para o desenvolvimento da bioinformática
O objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
O algoritmo de Smith-Waterman permite encontrar o alinhamento ótimo entre duas sequências, porém, devido à sua complexidade exponencial de tempo, sua execução é muito demorada.
O BLAST é executado em duas grandes fases: semeadura (seeding) e extensão
O programa ssearch permite implementar uma variação do BLAST.
O BLAST é um conjunto de programas que podem ser executados via sítio do NCBI.
O alinhamento múltiplo de sequências consiste no alinhamento de mais de duas sequências.
O CLUSTALW é uma das ferramentas heurísticas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.
O HMMER usa modelos coloridos de Markov para alinhar uma sequência de aminoácidos com um determinado perfil (profile).
O sequenciador 454 produz sequências de cerca de 250 bases de comprimento, enquanto o Illumina obtém fragmentos de DNA com 45 bases, no máximo.
As medidas de intensidade de fluorescência, em cada canal de cor da imagem, podem ser distorcidas durante os passos de preparação de dados. A normalização de dados desconsidera condições experimentais como as variações de intensidade e hibridização
A normalização utiliza descritores estatísticos que incluem a média, mediana, moda ou percentil da distribuição da intensidade das amostras no arranjo.