A região era, inicialmente, uma colônia de exploração de erva-mate, organizada por companhias colonizadoras gaúchas.

O município se formou a partir de um forte militar construído para proteger a fronteira, sendo esse o motivo do nome "Cedro". 

O nome da cidade foi escolhido em homenagem a um santo padroeiro trazido pelos primeiros imigrantes italianos que ali se fixaram.

O ponto de parada situava-se próximo a um riacho, onde os viajantes descansavam à sombra de uma grande árvore, referência que deu nome ao local.