O museu foi inaugurado em 1978 no distrito de Nova Teutônia e pertencia à Universidade Federal de Santa Catarina.

Atualmente, o museu encontra-se temporariamente indisponível para visitações presenciais, oferecendo exclusivamente a opção de acesso remoto.

O acervo do museu é resultado de duzentos anos de pesquisas históricas na região da bacia do Rio Uruguai.

Há troncos petrificados, exemplares dos biomas da mata atlântica e lanças indígenas da tribo xokleng expostos no museu.

A sua coleção de animais empalhados e pinturas barrocas é uma das maiores do mundo.