Na análise por ITT, a inclusão de pacientes que não aderiram ao tratamento ou violaram o protocolo tende a diluir as diferenças entre os grupos, enviesando o resultado em direção à "igualdade" e aumentando a chance de falsamente concluir pela não inferioridade (erro Tipo I); a análise PP preserva o efeito biológico real da intervenção, sendo um teste mais rigoroso (conservador) para provar que o novo tratamento não é pior.

A análise PP preserva a randomização original, evitando os viéses de seleção que ocorrem quando pacientes trocam de grupo após a alocação.

A análise PP reflete o cenário de "vida real" (effectiveness), enquanto a ITT reflete o cenário ideal (efficacy), sendo a PP preferível para decisões de saúde pública. 

A análise ITT é excessivamente conservadora em estudos de não inferioridade, dificultando a demonstração de eficácia de novas drogas que são clinicamente úteis.