É atribuição da auditoria interna a propositura de medidas de ajuste nos procedimentos administrativos, visando a melhoria do desempenho institucional, e à Secretaria de Gestão Interna, a coordenação dos processos de consulta pública que envolvam assuntos de interesse da ANCINE.

Na ANCINE, os encargos de natureza jurídica são exercidos pela própria agência, por meio de sua assessoria jurídica.