O objetivo da nota de auditoria, cientificando as irregularidades encontradas durante os trabalhos, é colher esclarecimentos prévios à emissão do parecer do auditor.

Para emissão do certificado de auditoria é necessária análise levando em conta principalmente constatações relacionadas a falhas, omissões e impropriedades que podem significar situações simplesmente impróprias, quando caberá a emissão de certificado de regularidade ou de regularidade com ressalvas ou até mesmo irregulares. Em se tratando de caso concreto de irregularidades, o certificado de auditoria não necessita considerar jurisprudências do Tribunal de Contas da União, tendo em vista situação real de irregularidades.

O certificado de auditoria requer o registro, no parágrafo intermediário, das irregularidades que afetam a gestão e, no parágrafo final, da opinião quanto à regularidade ou não da gestão. A data do certificado deve corresponder ao dia do encerramento dos trabalhos.

Os papéis de trabalho podem ser elaborados pelo auditor ou obtidos de qualquer outra fonte, como uma listagem oriunda do Sistema Integrado de Administração Financeira do Governo Federal (SIAFI).