No que se refere ao emprego dos pronomes no texto, ...

Um absurdo está banca Examinadora causar todas, as vezes, polêmicas em suas provas, toda e qualquer gramática o "onde" é para referência a lugar. Ainda colocando que poderia ser possível sua substituição por "da qual", sendo que só pode  nos casos da ideia de causa / efeito ou de conclusão.

Alternativa D:

A partícula “se”, em “se voltara” (linha 45), classifica-se como pronome apassivador.

Errada.

Comentário:

"Os hábitos da solidão e da taciturnidade a que se voltara o frade (...)"

Reescrita didática:

O frade se voltou aos hábitos da solidão e da taciturnidade.

O frade voltou a si mesmo aos hábitos da solidão e da taciturnidade.

Obs:

Pronome apassivador: só vem ligado a verbo que pede objeto direto

Exemplo: "Plastificam-se documentos nesta loja". Quem plastifica, plastifica algo (sem preposição).

Pronome reflexivo: equivale a si mesmo. E, ele pode exercer a função de objeto direto, objeto indireto e sujeito de infinitivo.

Exemplo:

"Julia vivia admirando-se no espelho" (objeto direito).

"Ele se dá o luxo de não trabalhar aos sábados" (objeto indireto).

"Sofia deixou-se estar à janela" (sujeito de um infinitivo).

Voltando ao texto:

"Os hábitos da solidão e da taciturnidade a que se voltara o frade (...)"

Quem se volta, se volta a (preposição) algo. O verbo é transitivo indireto. Logo, não poderia ser pronome apassivador.

Alternativa A: A forma pronominal “donde” (linha 8) poderia ser corretamente substituída por da qual.  (CORRETA).

"Passava dias inteiros na sua cela, donde apenas saía (...)".

Donde = preposição "de" + o pronome relativo "onde".

Donde indica origem ou retorno.

Quem sai, sai DE ALGUM LUGAR. 

Pronome relativo "onde"=  "É utilizado para indicar um lugar, podendo ser substituído por: em que, no qual, na qual, nos quais e nas quais. Pode ser utilizado juntamente com preposições, formando as palavras aonde e donde para transmitir noções de movimento". (http://www.normaculta.com.br/pronomes-relativos/)

Como a preposição "de" é exigida pelo verbo "sair", ao substituir "onde" por "na qual", deve-se trocar a preposição "em" pela preposição "de" : "da qual". 

Ex.: A cela, na qual frei habitava. A cela, da qual o frei saía. 

Observa-se que a regência do verbo "sair", no contexto, não aceita a preposição "em". Quem sai, sai de algum lugar, e não em algum lugar.

"Passava dias inteiros na sua cela, da qual saía (...)". O frei saía da cela...

Alternativa B: O pronome “seu” (linha 35) retoma “irmão finado” (linha 34). (ERRADO)>

"Depois de feitas ao irmão finado (o frei que morreu) as honras que lhe deviam, a comunidade (de frades) perguntou ao seu chefe (abade)".

Abade, segundo o dicionário, é um superior de uma ordem religiosa. Logo, o Abade era o chefe da comunidade de frades. 

Embora o abade também fosse o chefe do falecido frei, pelo contexto, a comunidade refere-se ao abade como se ele fosse apenas o chefe dessa comunidade. 

Alternativa C: O emprego da ênclise, em “referiu-as” (linha 37) é obrigatório.(ERRADA).

“(...) a comunidade perguntou ao seu chefe que palavras ouvira tão sinistras que o assustaram. O abade referiu-as persignando-se”.

O emprego da ênclise em“referiu-as” é facultativo. Os casos obrigatórios de ênclise são esses:

1. Início de frase: “Referiu-as persignando-se o Abade”.

2. Com verbo no imperativo afirmativo: “Meninos, afastem-se das drogas”.

3. Com verbo no infinitivo impessoal (não flexionado): “É preciso afastar-se de pessoas desonestas”.

OBS: Se o infinitivo vier flexionado, precedido de preposição, haverá a próclise: “Foram punidos porme tratarem mal”.

OBS 2: Se o infinitivo vier precedido de palavra atrativa ou de preposição, o pronome poderá estar tanto proclítico quanto enclítico: “Saiu, para não me perturbar” (próclise); “Saiu,para não perturbar-me” (Ênclise).

4. Com verbo no gerúndio: “Saiu, deixando-nos em paz por alguns minutos”.

OBS: O verbo no gerúndio precedido de preposição em exige próclise: “Em se tratando de futebol, prefiro o brasileiro”.

Texto:

“(...) a comunidade perguntou ao seu chefe que palavras ouvira tão sinistras que o assustaram. O abade referiu-as persignando-se”.

Observa-se que, “referiu-as” não inicia a frase, o verbo “referir” não está no imperativo afirmativo nem no infinitivo impessoal, assim como não está no gerúndio. Logo, a ênclise é facultativa, até porque a próclise não será obrigatória, pois não existe palavra atrativa. Comisso o pronome poderá ficar proclítico ou enclítico:

“O abade as referiu persignando-se”

“O abade referiu-as persignando-se”

OBSERVAÇÃO EM RELAÇÃO A ALTERNATIVA C:

O Leandro afirmou que houve locução verbal na oração, contudo, eu discordo:

Locução Verbal: “As locuções verbais são conjuntos formados por um verbo auxiliar seguido de um verbo principal. O verbo principal aparece sempre em uma de suas formas nominais (gerúndio, infinitivo ou particípio). O verbo auxiliar, por sua vez, aparece flexionado, pois tem a função de ampliar a significação do verbo principal. Cabe observar ainda que o verbo auxiliar aparece desprovido de significação, mas é o responsável pela indicação das flexões de pessoa,número, tempo e modo”.

Ex.: Eles estão (auxiliar) trabalhando(principal).

Texto:

“(...) a comunidade perguntou ao seu chefe que palavras ouvira tão sinistras que o assustaram. O abade referiu-as persignando-se”.

Para facilitar:

“Referir” é sinônimo de “citar”.

“Persignar” é sinônimo de “benzer”

O abade citou as palavras benzendo-se.

Logo, “referir” não pode ser verbo auxiliar, pois ele não está desprovido de significação. Quem refere, refere algo. O verbo tem significação. É um verbo transitivo direto.

Além disso, “persignando-se” é uma oração subordinada adverbial temporal reduzida de gerúndio.

“O abade referiu-as quando se persignava”.

“O abade citou as palavras quando se benzia”.

Se eu tiver falado algo errado,corrijam-me, por favor.

Obs:

Realmente, quando há locução verbal, e o verbo principal está no gerúndio, caso não haja palavra atrativa, o pronome oblíquo poderá ficar proclítico ou enclítico ao verbo auxiliar, ou ainda,enclítico ao principal:

“Eu lhe devo dizer algumas coisas”.(Pronome proclítico ao verbo auxiliar).

“Eu devo-lhe dizer algumas coisas”.(Pronome enclítico ao verbo auxiliar).

“Eu devo dizer-lhe algumas coisas”.(Pronome enclítico ao verbo principal).

Contudo, no caso da oração da alternativa C ("O abade referiu-as persignando-se"), não houve locução verbal.